A história conta a vida de Kazuki Mutou que é mortalmente ferido ao salvar uma garota de um estranho monstro. Para sobreviver, ele ganha um artefado chamado Core Iron, o que lhe permite a habilidade de utilizar seu Busou Renkin, ou Alchemy Weapon. Com seus novos poderes, ele lutará para eliminar de vez o monstro Homunculus e proteger a humanidade.
